Change Language to English

Giriş Bölüm Personel Lisans Lisans Üstü Hizmetler Duyurular MOBGAM İletişim

 

Prof. Dr.

ZEYNEP PETEK ÇAKAR

 

 

İstanbul Teknik Üniversitesi

 Fen-Edebiyat Fakültesi

 Moleküler Biyoloji ve Genetik Bölümü

 

34469 Maslak-İstanbul

 

Tel: 212-285 3301

       212-285 7263

 Fax: 212-285 6386

e-posta: cakarp@itu.edu.tr

 

 

<< Geri


 

Akademik dereceler ve çalışma deneyimi

 

Prof. Dr. - İstanbul Teknik Üniversitesi, Fen-Edebiyat Fakültesi, Moleküler Biyoloji ve Genetik Bölümü , İstanbul, Türkiye (2012- halen)

 

Doç. Dr. - İstanbul Teknik Üniversitesi, Fen-Edebiyat Fakültesi, Moleküler Biyoloji ve Genetik Bölümü , İstanbul, Türkiye (2006- 2012)

 

Yrd. Doç. Dr. - İstanbul Teknik Üniversitesi, Fen-Edebiyat Fakültesi, Moleküler Biyoloji ve Genetik Bölümü , İstanbul, Türkiye (2001- 2006)

 

Doktora Sonrası Araştırma Görevlisi - Division of Biochemistry, Biocenter, University of Basel,Basel, İsviçre (2000-2001)

 

Araştırma görevlisi - Institute of Biotechnology, Swiss Federal Institute of Technology, ETH-Zürich, Zürih, İsviçre (1996-2000)

 

Araştırma görevlisi - Boğaziçi Üniversitesi, Kimya Mühendisliği Bölümü, İstanbul, Türkiye (1994-1996)

 

Doktora  Institute of Biotechnology, Swiss Federal Institute of Technology, ETH-Zürich, Zürih, İsviçre (2000)

 

Yüksek Lisans  Boğaziçi Üniversitesi, Kimya Mühendisliği Bölümü, İstanbul, Türkiye (1996)

 

Lisans  Boğaziçi Üniversitesi, Kimya Mühendisliği Bölümü, İstanbul, Türkiye (1994)

 

Lisans (Çift Anadal Programı)  Boğaziçi Üniversitesi, Moleküler Biyoloji ve Genetik Bölümü, İstanbul, Türkiye (1995)

 

Ortaöğretim- Istanbul (Erkek) Lisesi (1983-1990)

 


 

İlgi alanları

 

Endüstriyel açıdan önemli mikroorganizmaların yönlendirilmiş evrim yöntemleri ile geliştirilmesi

Mayada (Saccharomyces cerevisiae) çeşitli endüstriyel stresler ve ağır metallere karşı direncin moleküler mekanizmasının incelenmesi
Metabolik mühendislik ve tersine metabolik mühendislik, sistem biyolojisi

Moleküler biyobenzetim, nanobiyoteknoloji

Moleküler tıp: Böbrekte iskemi-reperfüzyonun ve iskemik önkoşullandırmanın gen ekspresyonu düzeyinde etkilerinin incelenmesi

Çevre biyoteknolojisi: Aktif çamur sistemlerinde yaygın olarak görülen mikroorganizmaların biyokimyasal depolama ve stres metabolizması, polihidroksialkanoat üretimi, moleküler yöntemlerle tür tayini

 


 

Yürüttüğü projeler

Molecular Machineries for Ion Translocation Across Biomembranes, CM0902, Avrupa Birliği COST projesi, Management Committee (MC) member-Türkiye temsilcisi, (2009-halen)

Yönlendirilmiş Evrim Yolu ile Endüstriyel Streslere Karşı Direnç Kazandırılmış Saccharomyces cerevisiae Mayasının Direnç Mekanizmasının Moleküler Düzeyde Karakterizasyonu, TÜBİTAK-EGIDE (Türkiye-Fransa) PIA-BOSPHORUS Uluslararası Projesi,   107T284, proje yürütücüsü (TR), (2008-2010)

Metabolik mühendislik yaklaşımıyla mikroorganizmalara bor direnci kazandırılması ve bor direncinin ve bora bağlanmanın moleküler mekanizmasının biyobenzetim ve nanobiyoteknolojik uygulamlara amaçlı incelenmesi, Ulusal Bor Araştırma Enstitüsü (BOREN), 2008-Ç-0180, proje yürütücüsü, (2008-2010)


Yönlendirilmiş Evrim Yolu ile Saccharomyces cerevisiae Mayasına Birden Fazla Endüstriyel Strese Karşı Direnç Kazandırılması ve Direnç Mekanizmasının Moleküler Düzeyde Karakterizasyonu, 

TÜBİTAK Kariyer Projesi, 105T314, proje yürütücüsü, (2006- 2010)


Novel sustainable bioprocesses for the European colour industries, proposal number: 505899, Avrupa Birliği 6. Çerçeve Entegre Projesi, SME 2, araştırmacı, (2004- 2008)


Biyobenzetim Yolu ile Nanoteknolojik Fonksiyonel Malzeme Üretimi, DPT Projesi, 2004K120540,   araştırmacı, (2004- halen)


Endüstriyel mikroorganizmaların çeşitli stress koşullarına dirençli hale getirilmesi, İTÜ Araştırma Fonu 30108 no'lu proje, proje yürütücüsü, (2002-2005)


Sübstrat bileşimi ve besleme biçimlerinin biyokimyasal depolama üzerindeki etkileri, TÜBİTAK-YDABAG 102Y060 no'lu ulusal araştırma projesi, proje yürütücüsü, (2002-2005)


Ağır metallerin oluşturduğu stress koşullarının aktif çamur metabolizmasına etkilerinin incelenmesi, TÜBİTAK-YDABAG 102Y071 no'lu ulusal araştırma projesi, araştırmacı, (2002-2005)

Mikrobiyoloji ve hücre biyolojisinde bilişime dayalı metodlar, İTÜ Eğitim ve Öğretim Kalitesini Geliştirme Projesi, 30009 no’lu proje, proje yürütücüsü, (2002-2004)

 


 

Yayınlar

A.  SCI kapsamındaki makaleler

Çakar, Z.P., Alkım, C., Turanlı, B., Tokman, N., Akman, S., Sarıkaya, M., Tamerler, C., Benbadis, L., François, J.M. 2009. Isolation of cobalt hyper-resistant mutants of Saccharomyces cerevisiae by in vivo evolutionary engineering approach. J. Biotechnol. 143: 130-138.

Çakar, Z.P. 2009. Metabolic and evolutionary engineering research in Turkey and beyond. Biotechnol. J. 4: 992-1002 (review article).

Üçışık-Akkaya, E., Ercan, O., Yeşiladalı, S.K., Öztürk, T., Ubay-Çokgör, E., Orhon, D., Tamerler, C., Çakar, Z.P. 2009. Enhanced polyhydroxyalkanoate production by Paracoccus pantotrophus from glucose and mixed substrate. Fresenius Environ. Bulletin 18: 2013-2022.

Pala, I., Kolukırık, M., İnsel, G., İnce, O., Çakar, Z.P., Orhon, D. 2008. Fluorescence in situ hybridization for the assessment of nitrifying bacteria in a pilot-scale membrane bioreactor. Fresenius Environ. Bulletin 17: 2255-2261.

Insel, G., Çelikyılmaz, G., Ucisik-Akkaya, E., Yesiladali, K, Çakar, Z.P., Tamerler, C., Orhon, D. 2007. Respirometric evaluation and modeling of glucose utilization by Escherichia coli under aerobic and mesophilic cultivation conditions. Biotechnol. Bioengin. 96: 94-105.

Akar, A., Üçışık Akkaya, E., Yeşiladalı, S.K., Çelikyılmaz, G., Ubay Çokgör, E., Tamerler, C., Orhon, D., Çakar, Z.P. 2006. Accumulation of polyhydroxyalkanoates by Microlunatus phosphovorus under various growth conditions. J. Ind. Microbiol. Biotechnol. 33: 215-220. 

Çakar, Z.P., Şeker, U.Ö.Ş., Tamerler, C., Sonderegger, M., Sauer, U. 2005. Evolutionary engineering of multiple-stress resistant Saccharomyces cerevisiae. FEMS Yeast Res. 5: 569-578.

Chatenay-Rivauday, C., Çakar, Z.P., Jeno, P., Kuzmenko, E.S., Fiedler, K. 2004.  Caveolae: biochemical analysis. Mol. Biol. Rep. 31: 67-84.

Kuzmenko, E.S., Djafarzadeh, S., Çakar, Z.P., Fiedler, K. 2004.  LDL transcytosis by protein membrane   diffusion. Int. J. Biochem. Cell Biol. 36: 519-534.

Fiaux, J., Çakar, Z.P., Sonderegger, M., Wuethrich, K., Szyperski, T., Sauer, U. 2003Metabolic flux profiling of the yeasts Saccharomyces cerevisiae and Pichia stipitis. Eukaryotic Cell. 2: 170-180.

Maaheimo, H., Fiaux, J., Çakar, Z. P., Bailey, J. E., Sauer, U., Szyperski, T. 2001. Central carbon metabolism of Saccharomyces cerevisiae explored by biosynthetic fractional 13C labeling of common amino acids. Eur. J. Biochem. 268: 2464-2479.

Çakar, Z. P., Sauer, U., Bailey, J. E., Mueller, M., Stolz, M., Wallimann, T., Schlattner, U. 2000Vacuolar morphology and cell cycle distribution are modified by leucine limitation in auxotrophic Saccharomyces cerevisiae. Biol. Cell 92: 629-637.

Çakar, Z. P., Sauer, U., Bailey, J. E. 1999Metabolic engineering of yeast: the perils of auxotrophic hosts. Biotechnol. Lett. 21: 611-616.

B. Tam metinli uluslararası bildiriler (proceedings) / sözlü sunumlar

Çakar, Z.P. 2009. Metabolic and evolutionary engineering of stress resistance in yeast. BIOTECH-METU 2009, International Symposium on Biotechnology: Developments and Trends, sözlü sunum, bildiri kitabı, sayfa no: 30, METU/ODTÜ, 27-30 Eylül 2009, Ankara, Türkiye.

Vata, C.K., Yılmaz, B., Altıntaş, A., Akçetin, Z., Çakar, Z.P. 2008. Combinatorial data-mining using Pdq-Med and Treeview: a gene-disease story. HIBIT 2008, 3rd International Symposium on Health Informatics and Bioinformatics, 18-20 Mayıs 2008, İstanbul, Türkiye.

Yıldız, B.T., Tamerler, C., Benbadis, L., François, J.M., Çakar, Z.P. 2008. Evolutionary engineering of ethanol-resistant Saccharomyces cerevisiae. 33rd FEBS Congress/11th IUBMB Conference, sözlü sunum, FEBS Journal 275: 89-89, 28 Haziran-3 Temmuz 2008, Atina, Yunanistan.

Alkım, C., Yılmaz, B., Vata, C.K., Tamerler, C., Sarikaya, M., François, J., Benbadis, L., Çakar, Z. P. 2007.Riboflavin-producing cobalt-resistant Saccharomyces cerevisiae obtained by evolutionary engineering, 3rdEuropean Federation of Biotechnology Conference, Physiology of Yeasts and Filamentous Fungi (PYFF3), sözlü sunum, bildiri kitabı, sayfa no: T38, 13-16 Haziran 2007, Helsinki, Finlandiya.

Akar, A., Üçışık Akkaya, E., Yeşiladalı, S.K., Çelikyılmaz, G., Ubay Çokgör, E., Orhon, D., Tamerler, C., Çakar, Z.P. 2004. Growth physiology and biochemical storage characteristics of Microlunatus phosphovorus , a model organism for activated sludge systems. Environmental Biotechnology-ESEB 2004, (editor: W. Verstraete), Tam metin bildiri kitabı, sayfa no: 737-740, 25-28 Nisan 2004, Oostende, Belçika.

C. Tam metinli ulusal bildiriler (proceedings) /sözlü sunumlar

Tükenmez, H., Yılmaz, B., Çakar, Z.P. 2009. Oksidatif strese dayanıklı Saccharomyces cerevisiae suşlarının metabolik mühendislik ile elde edilmesi. İTÜ Ulusal Moleküler Biyoloji & Genetik Öğrenci Kongresi, sözlü sunum, bildiri kitabı, sayfa no: 48-49, İTÜ, 17-20 Ağustos 2009, İstanbul, Türkiye.

Çakar, Z.P. 2009. Maya biyoteknolojisinde metabolik mühendislik yaklaşımları, Boğaziçi Üniversitesi, Moleküler Biyoloji ve Genetik Haftasonu IV, 18-19 Nisan 2009, İstanbul, Türkiye.

Çakar, Z.P. 2008. Maya biyoteknolojisinde evrimsel mühendislik çalışmaları. 1. Ulusal Maya Moleküler Biyolojisi ve Biyoteknolojisi Sempozyumu, sözlü sunum, bildiri kitabı, sayfa no: 6 (S-05-B), Uludağ Üniversitesi, 30-31 Mayıs 2008, Bursa, Türkiye.

Altıntaş, A., Alkım, C., Aloğlu, T., Turanlı, B., Yılmaz, B., Çakar, Z.P. 2007. B vitaminleri varlığının ve kültür koşullarının yaban tip ile mutant mayaların büyüme fizyolojisi ve stres direncine etkileri. Moleküler Biyoloji ve Genetik Öğrenci Kongresi, Sözlü bildiri, bildiri kitabı, sayfa no: 22, İstanbul Teknik Üniversitesi, 8-11 Eylül 2007, İstanbul, Türkiye.

Üçışık Akkaya, E., Akar, A., Çelikyılmaz, G., Yeşiladalı, S.K., Ubay Çokgör, E., Tamerler, C., Orhon, D.,Çakar, Z.P. 2004. Aktif çamur sistemlerinde yaygın olarak görülen Escherichia coli ’nin biyokimyasal depolama özelliklerinin incelenmesi. Doğa ve Çevre, V. Ulusal Ekoloji ve Çevre Kongresi, Tam metin bildiri kitabı, sayfa no: 459-466, 5-8 Ekim 2004, Bolu, Türkiye.

Birol, G., Çakar, Z. P., Önsan, Z. İ., Kırdar, B. 1996. A study on the influence of substrate concentration in secretion of alpha amylase and glucoamylase separately or as bifunctional fusion proteins by yeast. Sözlü bildiri, 13. Ulusal Biyokimya Kongresi (uluslararası katılımlı), Türk Biyokimya Derneği, Antalya, Türkiye

D. Uluslararası Kongrelerde Sunulan Posterler (Öz)

Turanlı, B., Alkım, C., Tokman, N., Akman, S., Sarıkaya, M., Tamerler, C., Benbadis, L., François, J.M., Çakar, Z.P., 2009. In vivo evolutionary engineering of cobalt hyper-resistant mutants of Saccharomyces cerevisiae. International Conference on Nanomaterials and Nanosystems (NanoMats 2009), bildiri kitabı, sayfa no: 150 (P58), İstanbul Teknik Üniversitesi, 10-13 Ağustos 2009, İstanbul, Türkiye.

Şen, M., Yılmaz, Ü., Çakar, Z.P. 2009. In vivo evolutionary engineering of a boron-resistant bacterium: Bacillus boroniphilus. International Conference on Nanomaterials and Nanosystems (NanoMats 2009), bildiri kitabı, sayfa no: 166 (P74), İstanbul Teknik Üniversitesi, 10-13 Ağustos 2009, İstanbul, Türkiye.

Yılmaz, Ü., Şen, M., Çakar, Z.P. 2009. In vivo evolutionary engineering of a boron-resistant mutants of Saccharomyces cerevisiae. International Conference on Nanomaterials and Nanosystems (NanoMats 2009), bildiri kitabı, sayfa no: 171 (P79), İstanbul Teknik Üniversitesi, 10-13 Ağustos 2009, İstanbul, Türkiye.

Ercan, O., Alkım, C., Yılmaz, B., Yılmaz, Ü., Üçışık-Akkaya, E., Nguyen, H., Nevoigt, E., Çakar, Z.P. 2008. Investigation of growth metabolism and osmotolerance of mutant yeasts with redirected glycerol biosynthesis pathway obtained by metabolic engineering. XII. International Congress on Bacteriology and Applied Microbiology, IUMS 2008, bildiri kitabı, sayfa no: 97 (BP-116), 5-9 Ağustos 2008, İstanbul, Türkiye.

Balaban, B.G., Alkım, C., Sarıkaya, M., Tamerler, C., Çakar, Z.P. 2008. Evolutionary engineering of iron-resistant Saccharomyces cerevisiae. XII. International Congress on Bacteriology and Applied Microbiology, IUMS 2008, bildiri kitabı, sayfa no: 183 (BP-316), 5-9 Ağustos 2008, İstanbul, Türkiye.

Yılmaz, Ü., Alkım, C., Turanlı Yıldız, B., Tokman, N., Akman, S., Tamerler, C., Sarıkaya, M., Çakar, Z.P. 2008. Evolutionary engineering of chromium-resistant yeast. XII. International Congress on Bacteriology and Applied Microbiology, IUMS 2008, bildiri kitabı, sayfa no: 184 (BP-319), 5-9 Ağustos 2008, İstanbul, Türkiye.

Turanlı Yıldız, B., Çalık, A., Tamerler, C., Benbadis, L., François, J.M., Çakar, Z.P. 2008. Characterization of ethanol-resistant Saccharomyces cerevisiae obtained by evolutionary engineering. XII. International Congress on Bacteriology and Applied Microbiology, IUMS 2008, bildiri kitabı, sayfa no: 185 (BP-320), 5-9 Ağustos 2008, İstanbul, Türkiye.

Terzioğlu, E., Kahveci, M.Ü., Çakar, Z.P., Selçuki, C. 2008A computational analysis of interactions between copper and MXCXXC peptide motif with varying X’s in yeast. Chemical Physics Conference VIII, bildiri özeti kitabı, sayfa no: 19, İstanbul Teknik Üniversitesi, 24-25 Nisan 2008, İstanbul, Türkiye.

Terzioğlu, E., Kahveci, M.Ü., Çakar, Z.P., Selçuki, C. 2008A computational study of MXCXXC motif in yeast copper chaperons with Cu + and Cu2+. HIBIT 2008, 3rd International Symposium on Health Informatics and Bioinformatics, 18-20 Mayıs 2008, İstanbul, Türkiye. Chemical Physics Conference VIII, bildiri özeti kitabı, sayfa no: 19, İstanbul Teknik Üniversitesi, 24-25 Nisan 2008, İstanbul, Türkiye.

Yılmaz, B., Ercan, O., Abdullayev, İ., Tamerler, C., Çakar, Z.P. 2008. Evolutionary engineering of oxidative stress resistant S. cerevisiae under continuous stress conditions. 33rd FEBS Congress/11th IUBMB Conference, FEBS J 275: 286-286, 28 Haziran-3 Temmuz 2008, Atina, Yunanistan.

Sezgin, T., Demirel, R., Mutlu, S., Tamerler, C., Çakar, Z.P. 2008. Evolutionary engineering of acid resistant Saccharomyces cerevisiae under continuous stress conditions. 33rd FEBS Congress/11th IUBMB Conference, FEBS J 275: 429-429, 28 Haziran-3 Temmuz 2008, Atina, Yunanistan.

Sezgin, T., Demirel, R., Tombuloğlu, A., Tamerler, C., Çakar, Z.P. 2008. Evolutionary engineering of osmotic stress-resistant Saccharomyces cerevisiae under continuous stress conditions. 33rd FEBS Congress/11th IUBMB Conference, FEBS J 275: 285-285, 28 Haziran-3 Temmuz 2008, Atina, Yunanistan.

Karabulut, Ç., Turanlı, B., Tokman, N., Akman, S., Tamerler, C., Sarıkaya, M., Çakar, Z.P. 2008. Evolutionary engineering of copper-resistant yeast under continuous stress conditions. 4th International Conference on Analysis of Microbial Cells at the Single Cell Level, bildiri özeti kitabı, sayfa no P3, 22-25 Mayıs 2008, Bad Schandau, Dresden, Almanya.

Terzioğlu, E., Kahveci, M.Ü., Çakar, Z.P., Selçuki, C. 2007Computational conformational analysis of MXCXXC motif of ATX1 in Saccharomyces cerevisiae, Drugs Fut., 32 (Suppl. A): 6th AFMC International Medicinal Chemistry Symposium, PB-44, Istanbul, Türkiye. 

Kahveci, M.Ü., Terzioğlu, E., Çakar, Z.P., Selçuki, C. 2007. Computational conformational analysis of REXLE motif of iron permease FTR1 in Saccharomyces cerevisiae, Drugs Fut., 32 (Suppl. A): 6th AFMC International Medicinal Chemistry Symposium, PB-45, Istanbul, Türkiye. 

Yılmaz, Ü., Alkım, C., Turanlı, B., Tokman, N., Akman, S., Tamerler, C., Sarıkaya, M.,  Çakar, Z.P.  2007. Evolutionary engineering for biomimetics: selection of chromium-resistant yeast under pulse stress conditions, Bildiri özet kitabı, sayfa no: P39, Molecular Biomimetics & Bionanotechnology-II, Protein-based Materials & Systems for Engineering & Medicine, International Workshop, 23-25 Mayıs 2007, Istanbul Teknik Üniversitesi (ITU-MOBGAM), Istanbul, Türkiye.

Yılmaz, Ü., Alkım, C., Turanlı, B., Tokman, N., Akman, S., Tamerler, C., Sarıkaya, M.,  Çakar, Z.P.  2007. Evolutionary engineering for biomimetics: selection of chromium-resistant yeast under continuous stress conditions, Bildiri özet kitabı, sayfa no: P40, Molecular Biomimetics & Bionanotechnology-II, Protein-based Materials & Systems for Engineering & Medicine, International Workshop, 23-25 Mayıs 2007, Istanbul Teknik Üniversitesi (ITU-MOBGAM), Istanbul, Türkiye.

Karabulut, Ç., Alkım, C., Tokman, N., Akman, S., Tamerler, C., Sarıkaya, M., Çakar  Z.P. 2007.Evolutionary engineering of copper-resistant yeast under pulse stress conditions, 3rd European Federation of Biotechnology Conference, Physiology of Yeasts and Filamentous Fungi (PYFF3), Bildiri özet kitabı, sayfa no: P27, 13-16 Haziran 2007, Helsinki, Finlandiya.

Vata, C.K., Tektaş, O., Yılmaz, B., Sachs, M., Akçetin, Z., Çakar  Z.P. 2007. Predominant effect of ischemic preconditioning on short-term reperfusion following ischemia, Bildiri özet kitabı, sayfa no: 294, özet no: 70, II. Congress of Molecular Medicine, 24-26 Mart 2007, Istanbul, Türkiye.

Tektaş, O., Gürsoy, G., Yüzüak, Z., Alkım, C., Üçışık-Akkaya, E., Vata, C.K., Çakar Z.P., Akçetin, Z. 2007. Gene expression patterns in rat kidneys upon ischemia-reperfusion, with ischemic and heat-preconditioning: a microarray and RT-PCR study, Bildiri özet kitabı, sayfa no: 296, özet no: 73, II. Congress of Molecular Medicine, 24-26 Mart 2007, Istanbul, Türkiye.

Turanlı, B., Alkım, C., Tokman, N., Akman, S., Tamerler C., Sarıkaya, M., Çakar  Z.P. 2006. Evolutionary engineering for biomimetics: selection of cobalt-resistant yeast under continuous stress conditions, Molecular Biomimetics & BioNanoTechnology, Protein-based Materials & Systems for Science & Technology, International Workshop, Bildiri özet kitabı, sayfa no: P37,12-14 Kasım 2006, Istanbul Teknik Üniversitesi (ITU-MOBGAM), Istanbul, Türkiye. 

Alkım, C., Turanlı, B., Karabulut, Ç., Yılmaz, Ü., Tokman, N. Akman, S., Tamerler C., Sarıkaya, M., Çakar  Z.P. 2006. Evolutionary engineering for biomimetics: selection of cobalt-resistant yeast under pulse stress conditions, Molecular Biomimetics & BioNanoTechnology, Protein-based Materials & Systems for Science & Technology, International Workshop, Bildiri özet kitabı, sayfa no: P2, 12-14 Kasım 2006, Istanbul Teknik Üniversitesi (ITU-MOBGAM), Istanbul, Türkiye. 

Ergun, A., Başar, F., Yeşiladalı, S. K., Çakar, Z. P., Tamerler, C. 2006. Decolorization of textile dyes by the white-rot fungus Coriolopsis polyzona MUCL 38443, Oxizymes in Oeiras, 3rd European Meeting in Oxizymes, Bildiri özet kitabı, sayfa no: P42, 7-9 Eylül 2006, Oeiras, Portekiz.

Alkım, C., Turanlı, B., Karabulut, Ç., Yılmaz, Ü., Tokman, N. Akman, S., Tamerler C., Sarıkaya, M., Çakar  Z.P. 2006. Evolutionary engineering of cobalt-resistant yeast under pulse stress conditions, ESBES 6, 6th European Symposium on Biochemical Engineering Science, Bildiri özet kitabı, sayfa no: 194, 27-30 Ağustos 2006, Salzburg, Avusturya. 

Turanlı, B., Alkım, C., Tokman, N., Akman, S., Tamerler C., Sarıkaya, M., Çakar  Z.P. 2006. Evolutionary engineering of cobalt-resistant yeast under continuous stress conditions, ISEB ESEB JSEB 2006, International Conference on Environmental Biotechnology, 9-13 Temmuz 2006, Bildiri özet kitabı, sayfa no: 48, Leipzig, Almanya. 

Toktay, B., Şeker,U.Ö.Ş., Turanlı, B., Asımgil, H.,Keshavarz, T., Tamerler, C., Çakar, Z.P. 2005. Directed evolution of Ophiostoma piliferum for lipase production, 3rd International Conference on Analysis of  Microbial Cells at the Single Cell Level, Bildiri özet kitabı , sayfa 78, PIV.22, Semmering, Avusturya. 

Aloğlu, T., Tamerler, C., Sauer, U., Çakar, Z.P. 2005. Evolutionary engineering of osmotolerantSaccharomyces cerevisiae, 12th European Congress on Biotechnology, Kopenhag, Danimarka, J. Biotechnology, Vol. 118, Suppl. 1., S9.

Üçışık Akkaya, E., Öztürk, T., Ajredin, N., Çelikyılmaz, G., Yeşiladalı, S.K., Tamerler, C., Orhon, D., Çakar, Z.P. 2005.The effects of anaerobic-aerobic cycles on polyhydroxybutyrate storage mechanism ofParacoccus pantotrophus, a model organism of activated sludge systems, 10. European Ecological Congress, Bildiri özet kitabı, sayfa no: 509, Kuşadası, Türkiye.   

Şeker,U.Ö.Ş., Akçe, H., Tamerler, C., Sauer, U., Çakar, Z.P.  2004. High levels of trehalose in multiple-stress resistant Saccharomyces cerevisiae obtained by evolutionary engineering. PYFF 2 Meeting, Physiology of Yeasts and Filamentous Fungi, Bildiri özet kitabı, sayfa no: 111, 24-28 Mart 2004, Anglet, Fransa.

Şeker,U.Ö.Ş., Akçe, H., Tamerler, C., Sauer, U., Çakar, Z.P.  2003. Directed evolution of multiple-stress resistant Saccharomyces cerevisiae. 11th European Congress on Biotechnology, Bildiri özet kitabı, sayfa no: 102, 24-29 Ağustos 2003, Basel, İsviçre.

Toktay, B., Şeker,U.Ö.Ş., Turanlı, B., Keshavarz, T., Tamerler, C., Çakar, Z.P. 2003. Improvement of lipase production in Ophiostoma piliferum via evolutionary engineering and media optimization .11thEuropean Congress on Biotechnology, Bildiri özet kitabı, sayfa no: 97, 24-29 Ağustos 2003, Basel, İsviçre.

Üçışık Akkaya, E., Akar, A., Yeşiladalı, S.K., Çelikyılmaz, G., Tamerler, C., Orhon, D., Çakar, Z.P. 2003. A physiological and morphological study on the growth and biochemical storage of activated sludge model organisms. 11th European Congress on Biotechnology, Bildiri özet kitabı, sayfa no: 139, 24-29 Ağustos 2003, Basel, İsviçre.

Çelikyılmaz, G., Akar, A., Yeşiladalı, S.K., Üçışık Akkaya, E., Yazgan Karataş, A., Çakar, Z.P., Orhon, D.,  Tamerler, C. 2003 The effects of heavy metal stress on the metabolism of various activated sludge bacteria. 11th European Congress on Biotechnology, Bildiri özet kitabı, sayfa no: 139, 24-29 Ağustos 2003, Basel, İsviçre.

Chatenay-Rivauday, C., Çakar, Z. P., Kuzmenko, E., Jenoe, P., Fiedler, K. M. 2000. A complex of actin, caveolin-1, and dynamin in caveolae. Mol. Biol. Cell 11: 2000 Supp. S. The American Society for Cell Biology  (ASCB), Fortieth Annual Meeting, San Francisco, ABD.

Çakar, Z. P., Sauer, U. 2000Evolutionary Engineering of Multiple-Stress Resistant Saccharomyces cerevisiae. Biotechnology 2000, The World Congress on Biotechnology,  Berlin, Almanya.

Chatenay-Rivauday, C., Çakar, Z. P., Buehler, H., Kuzmenko, E., Hristoskova, S., Fiedler, K. 2000. Caveolae: a multiprotein complex? European Life Scientist Organisation (ELSO) 2000 Meeting, Cenevre, İsviçre.

Çakar, Z. P., Sauer, U., Fiaux, J., Szyperski, T., Wuethrich, K., Bailey, J. E. 1999Intracellular carbon flux analysis and metabolic engineering of yeast: the perils of auxotrophic hosts. VAAM (Vereinigung fuer Allgemeine und Angewandte Mikrobiologie) Kongresi, Jahrestagung, Goettingen, Almanya.

E. Ulusal Kongrelerde Sunulan Posterler (Öz)

Turanlı, B., Alkım, C., Yılmaz, Ü., Karabulut, Ç., Tokman, N., Akman, S., Tamerler, C., Sarıkaya, M., Çakar, Z.P. 2008. Çeşitli ağır metallere dirençli Saccharomyces cerevisiae mayalarının yönlendirilmiş evrim yöntemi ile elde edilmesi. 1. Ulusal Maya Moleküler Biyolojisi ve Biyoteknolojisi Sempozyumu, poster sunumu, bildiri kitabı, sayfa no: 30 (P-07-A), Uludağ Üniversitesi, 30-31 Mayıs 2008, Bursa, Türkiye.

Ercan, O., Alkım, C., Yılmaz, B., Yılmaz, Ü., Üçışık-Akkaya, E., Nguyen, H.T.T., Nevoigt, E., Çakar, Z.P. 2007. Metabolizma mühendisliği ile gliserol biyosentez yol izi değiştirilmiş Saccharomyces cerevisiae mayalarının metabolik analizi. XV. Ulusal Biyoteknoloji Kongresi, poster sunumu, bildiri kitabı, sayfa no: 42 (P-EB36), 28-31 Ekim 2007, Antalya, Türkiye.

Üçışık Akkaya, E., Çelikyılmaz, G., Yesiladalı, S.K., Tamerler, C., Orhon, D., Çakar, Z.P 2005. Aktif çamur sistemlerinde yaygın olarak görülen Escherichia coli 'nin Ardışık Kesikli Reaktörde Büyüme Fizyolojisi ve Depolama Özelliklerinin İncelenmesi, 14. Ulusal Biyoteknoloji Kongresi, Bildiri özet kitabı , sayfa 502, Eskişehir, Türkiye.

Çelikyılmaz, G., Yeşiladalı, S.K., Üçışık Akkaya, E., Akar, A., Yazgan Karataş, A., Ubay Çokgör, E.,Çakar, Z.P., Orhon, D.,  Tamerler, C. 2004. Escherichia coli 'nin respirometrik metabolizması üzerine ağır metal etkisi. V. Ulusal Ekoloji ve Çevre Kongresi, Bildiri özet kitabı, sayfa no: 159, 5-8 Ekim 2004, Bolu, Türkiye.

Turanlı, B., Toktay, B., Şeker, U.Ö.Ş., Tamerler, C., Çakar, Z.P. 2003. Endüstriyel mikroorganizmaların çeşitli stres faktörlerine dirençli hale getirilmesi .13. Biyoteknoloji Kongresi, Bildiri özet kitabı, sayfa no: 223, 25-29 Ağustos 2003, Çanakkale, Türkiye.

 


 

Verilen dersler

 

MBG 512 Mikrobiyel Metabolizma

ENB 503E Metabolic Concepts in Environmental Sciences

MBG 617 Biyoteknolojide Son Gelişmeler

BIO 211E Cell Biology (2001-2008)

BIO 321 Mikrobiyoloji

BIO 492E Graduation Project

MBG 535 Laboratuvar Araştırması

Tutorial: Introduction to Biology 

        (Biocenter, Basel Üniversitesi, 2000-2001)

 


İdari Görevler

İTÜ Moleküler Biyoloji ve Genetik Bölümü Başkanlığı (Aralık 2009-halen)

 

İTÜ Moleküler Biyoloji ve Genetik Bölümü Başkan Vekilliği (Ekim 2009-Aralık 2009) 

 

İTÜ Moleküler Biyoloji ve Genetik Bölümü Başkan Yardımcılığı (2006-Ekim 2009)

İTÜ Dr. Orhan Öcalgiray Moleküler Biyoloji Biyoteknoloji ve Genetik Araştırmalar Merkezi (İTÜ-MOBGAM) Müdür Yardımcılığı (2004-2006)


İTÜ Fen-Edebiyat Fakültesi Çift Anadal Programı (ÇAP) Komisyon Üyeliği (2002-halen)


İTÜ Fen Edebiyat Fakültesi Yatay Geçiş Komisyon Üyeliği (2005-halen)


İTÜ Moleküler Biyoloji ve Genetik Bölümü, Stratejik Planlama Komisyon Üyeliği (2005-halen)

 

İTÜ Moleküler Biyoloji ve Genetik Bölümü Staj Komisyonu Üyeliği (2003-2005)
 

 


Ödüller

 

Yönlendirilmiş Evrim Yolu ile Saccharomyces cerevisiae Mayasına Birden Fazla Endüstriyel Strese Karşı Direnç Kazandırılması ve Direnç Mekanizmasının Moleküler Düzeyde Karakterizasyonu, TÜBİTAK KARİYER Projesi, 105T314, proje yürütücüsü, Mayıs 2006- halen.


Plastik Teknoloji Araştırma Geliştirme ve Eğitim Vakfı (PAGEV), Plastik Teknolojileri Araştırma Mansiyon Ödülü, 2005.


Doktora üstü (post-doc) çalışmalar için araştırma görevliliği bursu, İsviçre Ulusal Fonu kapsamında, Biocenter (Biozentrum), University of Basel, 2000-2001.


Doktora eğitimi için araştırma görevliliği bursu, Swiss Priority Programme (SPP) in Biotechnology kapsamında, ETH-Zürich, Institute of Biotechnology, Swiss Federal Institute of Technology, 1996-2000.


Almanya'da doktora eğitimi için burs, DAAD (German Academic Exchange Service), kullanılmadı, 1996.


Bölüm birinciliği, onur listesi, Boğaziçi Üniversitesi, Moleküler Biyoloji ve Genetik Bölümü, 1995.


Bölüm ikinciliği, onur listesi, Boğaziçi Üniversitesi, Kimya Mühendisliği Bölümü, 1994.

 

 


Editörlük ve Hakemlik Görevleri

 

Journal of Applied Biological Sciences (JABS) dergisi editörlüğü (2007-halen)


Science Citation Index (SCI)de taranan çeşitli dergilerde (Biotechnology & Bioengineering, Journal of Biotechnology, Yeast, Applied Biochemistry & Biotechnology, Coloration Technology, Journal of Applied Microbiology, Letters in Applied Microbiology) hakemlik (2005-halen)


TÜBİTAK proje değerlendirmelerinde panelistlik ve hakemlik (2007 - halen)


İTÜ BAP proje önerisi değerlendirme hakemliği (2006 - halen)

 

 

İstanbul Teknik Üniversitesi, Moleküler Biyoloji ve Genetik Bölümü

Maslak 34469 İstanbul, Türkiye
Tel: 0212 285 3255 (Böl. Bşk.); 212 285 3301, 3313 | Faks: 0212 285 6386

Son güncelleme:

04.Oca.2010

-Tasarım ve İçerik-