ZEYNEP PETEK ÇAKAR

Doç. Dr.

İstanbul Teknik Üniversitesi, Fen-Edebiyat Fakültesi, Moleküler Biyoloji ve Genetik Bölümü

34469 Maslak-İstanbul

Tel: 212-285 3301 Fax: 212-285 6386

E-posta: cakarp@itu.edu.tr

Akademik dereceler ve çalışma deneyimi

Doç. Dr. - İstanbul Teknik Üniversitesi, Fen-Edebiyat Fakültesi, Moleküler Biyoloji ve Genetik Bölümü , İstanbul, Türkiye (Mayıs 2006- halen)

Yrd. Doç. Dr. - İstanbul Teknik Üniversitesi, Fen-Edebiyat Fakültesi, Moleküler Biyoloji ve Genetik Bölümü , İstanbul, Türkiye (Aralık 2001- Mayıs 2006)

Doktora Sonrası Araştırma Görevlisi – Division of Biochemistry, Biocenter, University of Basel,

Basel, İsviçre (2000-2001)

Araştırma görevlisi – Institute of Biotechnology, Swiss Federal Institute of Technology, ETH-Zürich,

Zürih, İsviçre (1996-2000)

Araştırma görevlisi – Boğaziçi Üniversitesi, Kimya Mühendisliği Bölümü, İstanbul, Türkiye (1994-1996)

Doktora -  Institute of Biotechnology, Swiss Federal Institute of Technology, ETH-Zürich, Zürih, İsviçre (2000)

Yüksek Lisans -  Boğaziçi Üniversitesi, Kimya Mühendisliği Bölümü, İstanbul, Türkiye (1996)

Lisans -  Boğaziçi Üniversitesi, Kimya Mühendisliği Bölümü, İstanbul, Türkiye (1994)

Lisans (Çift Anadal Programı) -  Boğaziçi Üniversitesi, Moleküler Biyoloji ve Genetik Bölümü, İstanbul, Türkiye (1995)

Ortaöğretim- Istanbul (Erkek) Lisesi (1983-1990)

İlgi alanları

• Endüstriyel açıdan önemli mikroorganizmaların yönlendirilmiş evrim yöntemleri ile geliştirilmesi

• Mayada (Saccharomyces cerevisiae) çeşitli endüstriyel stresler ve ağır metallere karşı direncin moleküler mekanizmasının incelenmesi

• Metabolik mühendislik ve tersine metabolik mühendislik, sistem biyolojisi

• Moleküler biyobenzetim, nanobiyoteknoloji

• Moleküler tıp: Böbrekte iskemi-reperfüzyonun ve iskemik önkoşullandırmanın gen ekspresyonu düzeyinde etkilerinin incelenmesi

• Çevre biyoteknolojisi: Aktif çamur sistemlerinde yaygın olarak görülen mikroorganizmaların biyokimyasal depolama ve stress metabolizması, polihidroksialkanoat üretimi, moleküler yöntemlerle tür tayini

Yürüttüğü projeler

• Yönlendirilmiş Evrim Yolu ile Saccharomyces cerevisiae Mayasına Birden Fazla Endüstriyel Strese Karşı Direnç Kazandırılması ve Direnç Mekanizmasının Moleküler Düzeyde Karakterizasyonu, TÜBİTAK Kariyer Projesi, 105T314, proje yürütücüsü, (Mayıs 2006- halen)

•  Novel sustainable bioprocesses for the European colour industries, proposal number: 505899, Avrupa Birliği 6. Çerçeve Entegre Projesi, SME 2, araştırmacı, (Temmuz 2004- halen)

• Biyobenzetim Yolu ile Nanoteknolojik Fonksiyonel Malzeme Üretimi, DPT Projesi, 2004K120540,   araştırmacı, (2004- halen)

• Endüstriyel mikroorganizmaların çeşitli stress koşullarına dirençli hale getirilmesi, İTÜ Araştırma Fonu 30108 no’lu proje, proje yürütücüsü, (2002-2005)

• Sübstrat bileşimi ve besleme biçimlerinin biyokimyasal depolama üzerindeki etkileri, TÜBİTAK-YDABAG 102Y060 no’lu ulusal araştırma projesi, proje yürütücüsü, (2002-2005)

• Ağır metallerin oluşturduğu stress koşullarının aktif çamur metabolizmasına etkilerinin incelenmesi, TÜBİTAK-YDABAG 102Y071 no’lu ulusal araştırma projesi, araştırmacı, (2002-2005)

Yayınlar

A.  SCI kapsamındaki makaleler

·         Insel, G., Çelikyılmaz, G., Ucisik-Akkaya, E., Yesiladali, K, Çakar, Z.P., Tamerler, C., Orhon, D. 2007. Respirometric evaluation and modeling of glucose utilization by Escherichia coli under aerobic and mesophilic cultivation conditions. Biotechnol. Bioengin. 96: 94-105.

·         Akar, A., Üçışık Akkaya, E., Yeşiladalı, S.K., Çelikyılmaz, G., Ubay Çokgör, E., Tamerler, C., Orhon, D.,

      Çakar, Z.P. 2006. Accumulation of polyhydroxyalkanoates by Microlunatus phosphovorus under various

      growth conditions. J. Ind. Microbiol. Biotechnol. 33: 215-220. 

·         Çakar, Z.P., Şeker, U.Ö.Ş., Tamerler, C., Sonderegger, M., Sauer, U. 2005. Evolutionary engineering of multiple-stress resistant Saccharomyces cerevisiae. FEMS Yeast Res. 5: 569-578.

·         Chatenay-Rivauday, C., Çakar, Z.P., Jeno, P., Kuzmenko, E.S., Fiedler, K. 2004.  Caveolae: biochemical analysis. Mol. Biol. Rep. 31: 67-84.

·         Kuzmenko, E.S., Djafarzadeh, S., Çakar, Z.P., Fiedler, K. 2004.  LDL transcytosis by protein membrane   diffusion. Int. J. Biochem. Cell Biol. 36: 519-534.

·         Fiaux, J., Çakar, Z.P., Sonderegger, M., Wuethrich, K., Szyperski, T., Sauer, U. 2003. Metabolic flux profiling of the yeasts Saccharomyces cerevisiae and Pichia stipitis. Eukaryotic Cell. 2: 170-180.

·         Maaheimo, H., Fiaux, J., Çakar, Z. P., Bailey, J. E., Sauer, U., Szyperski, T. 2001. Central carbon metabolism of Saccharomyces cerevisiae explored by biosynthetic fractional ¹³C labeling of common amino acids. Eur. J. Biochem. 268: 2464-2479.

·         Çakar, Z. P., Sauer, U., Bailey, J. E., Mueller, M., Stolz, M., Wallimann, T., Schlattner, U. 2000. Vacuolar morphology and cell cycle distribution are modified by leucine limitation in auxotrophic Saccharomyces cerevisiae. Biol. Cell 92: 629-637.

·         Çakar, Z. P., Sauer, U., Bailey, J. E. 1999. Metabolic engineering of yeast: the perils of auxotrophic hosts. Biotechnol. Lett. 21: 611-616.

B. Tam metinli uluslararası bildiriler (proceedings) / sözlü sunumlar

·         Alkım, C., Yılmaz, B., Vata, C.K., Tamerler, C., Sarikaya, M., François, J., Benbadis, L., Çakar, Z. P. 2007. Riboflavin-producing cobalt-resistant Saccharomyces cerevisiae obtained by evolutionary engineering, 3^rd European Federation of Biotechnology Conference, Physiology of Yeasts and Filamentous Fungi (PYFF3), sözlü sunum, bildiri kitabı, sayfa no: T38, 13-16 Haziran 2007, Helsinki, Finlandiya.

·         Akar, A., Üçışık Akkaya, E., Yeşiladalı, S.K., Çelikyılmaz, G., Ubay Çokgör, E., Orhon, D., Tamerler, C.,

      Çakar, Z.P. 2004. Growth physiology and biochemical storage characteristics of Microlunatus phosphovorus , a model organism for activated sludge systems. Environmental Biotechnology-ESEB 2004, (editor: W. Verstraete), Tam metin bildiri kitabı, sayfa no: 737-740, 25-28 Nisan 2004, Oostende, Belçika.

C. Tam metinli ulusal bildiriler (proceedings) /sözlü sunumlar

·         Altıntaş, A., Alkım, C., Aloğlu, T., Turanlı, B., Yılmaz, B., Çakar, Z.P. 2007. B vitaminleri varlığının ve kültür koşullarının yaban tip ile mutant mayaların büyüme fizyolojisi ve stres direncine etkileri. Moleküler Biyoloji ve Genetik Öğrenci Kongresi, Sözlü bildiri, bildiri kitabı, sayfa no: 22, İstanbul Teknik Üniversitesi, 8-11 Eylül 2007, İstanbul, Türkiye.

·         Üçışık Akkaya, E., Akar, A., Çelikyılmaz, G., Yeşiladalı, S.K., Ubay Çokgör, E., Tamerler, C., Orhon, D., Çakar, Z.P. 2004. Aktif çamur sistemlerinde yaygın olarak görülen Escherichia coli’nin biyokimyasal depolama özelliklerinin incelenmesi. Doğa ve Çevre, V. Ulusal Ekoloji ve Çevre Kongresi, Tam metin bildiri kitabı, sayfa no: 459-466, 5-8 Ekim 2004, Bolu, Türkiye.

·         Birol, G., Çakar, Z. P., Önsan, Z. İ., Kırdar, B. 1996. A study on the influence of substrate concentration in secretion of alpha amylase and glucoamylase separately or as bifunctional fusion proteins by yeast. Sözlü bildiri, 13. Ulusal Biyokimya Kongresi (uluslararası katılımlı), Türk Biyokimya Derneği, Antalya, Türkiye.

D. Uluslararası Kongrelerde Sunulan Posterler (Öz)

·         Terzioğlu, E., Kahveci, M.Ü., Çakar, Z.P., Selçuki, C. 2007. Computational conformational analysis of MXCXXC motif of ATX1 in Saccharomyces cerevisiae, Drugs Fut., 32 (Suppl. A): 6^th AFMC International Medicinal Chemistry Symposium, PB-44, Istanbul, Türkiye. 

·         Kahveci, M.Ü., Terzioğlu, E., Çakar, Z.P., Selçuki, C. 2007. Computational conformational analysis of REXLE motif of iron permease FTR1 in Saccharomyces cerevisiae, Drugs Fut., 32 (Suppl. A): 6^th AFMC International Medicinal Chemistry Symposium, PB-45, Istanbul, Türkiye. 

·         Yılmaz, Ü., Alkım, C., Turanlı, B., Tokman, N., Akman, S., Tamerler, C., Sarıkaya, M.,  Çakar, Z.P.  2007. Evolutionary engineering for biomimetics: selection of chromium-resistant yeast under pulse stress conditions, Bildiri özet kitabı, sayfa no: P39, Molecular Biomimetics & Bionanotechnology-II, Protein-based Materials & Systems for Engineering & Medicine, International Workshop, 23-25 Mayıs 2007, Istanbul Teknik Üniversitesi (ITU-MOBGAM), Istanbul, Türkiye.

·         Yılmaz, Ü., Alkım, C., Turanlı, B., Tokman, N., Akman, S., Tamerler, C., Sarıkaya, M.,  Çakar, Z.P.  2007. Evolutionary engineering for biomimetics: selection of chromium-resistant yeast under continuous stress conditions, Bildiri özet kitabı, sayfa no: P40, Molecular Biomimetics & Bionanotechnology-II, Protein-based Materials & Systems for Engineering & Medicine, International Workshop, 23-25 Mayıs 2007, Istanbul Teknik Üniversitesi (ITU-MOBGAM), Istanbul, Türkiye.

·         Karabulut, Ç., Alkım, C., Tokman, N., Akman, S., Tamerler, C., Sarıkaya, M., Çakar  Z.P. 2007. Evolutionary engineering of copper-resistant yeast under pulse stress conditions, 3^rd European Federation of Biotechnology Conference, Physiology of Yeasts and Filamentous Fungi (PYFF3), Bildiri özet kitabı, sayfa no: P27, 13-16 Haziran 2007, Helsinki, Finlandiya.

·         Vata, C.K., Tektaş, O., Yılmaz, B., Sachs, M., Akçetin, Z., Çakar  Z.P. 2007. Predominant effect of ischemic preconditioning on short-term reperfusion following ischemia, Bildiri özet kitabı, sayfa no: 294, özet no: 70, II. Congress of Molecular Medicine, 24-26 Mart 2007, Istanbul, Türkiye.

·         Tektaş, O., Gürsoy, G., Yüzüak, Z., Alkım, C., Üçışık-Akkaya, E., Vata, C.K., Çakar Z.P., Akçetin, Z. 2007. Gene expression patterns in rat kidneys upon ischemia-reperfusion, with ischemic and heat-preconditioning: a microarray and RT-PCR study, Bildiri özet kitabı, sayfa no: 296, özet no: 73, II. Congress of Molecular Medicine, 24-26 Mart 2007, Istanbul, Türkiye.

·         Turanlı, B., Alkım, C., Tokman, N., Akman, S., Tamerler C., Sarıkaya, M., Çakar  Z.P. 2006. Evolutionary engineering for biomimetics: selection of cobalt-resistant yeast under continuous stress conditions, Molecular Biomimetics & BioNanoTechnology, Protein-based Materials & Systems for Science & Technology, International Workshop, Bildiri özet kitabı, sayfa no: P37,12-14 Kasım 2006, Istanbul Teknik Üniversitesi (ITU-MOBGAM), Istanbul, Türkiye. 

·         Alkım, C., Turanlı, B., Karabulut, Ç., Yılmaz, Ü., Tokman, N. Akman, S., Tamerler C., Sarıkaya, M., Çakar  Z.P. 2006. Evolutionary engineering for biomimetics: selection of cobalt-resistant yeast under pulse stress conditions, Molecular Biomimetics & BioNanoTechnology, Protein-based Materials & Systems for Science & Technology, International Workshop, Bildiri özet kitabı, sayfa no: P2, 12-14 Kasım 2006, Istanbul Teknik Üniversitesi (ITU-MOBGAM), Istanbul, Türkiye. 

·         Ergun, A., Başar, F., Yeşiladalı, S. K., Çakar, Z. P., Tamerler, C. 2006. Decolorization of textile dyes by the white-rot fungus Coriolopsis polyzona MUCL 38443, Oxizymes in Oeiras, 3^rd European Meeting in Oxizymes, Bildiri özet kitabı, sayfa no: P42, 7-9 Eylül 2006, Oeiras, Portekiz.

·         Alkım, C., Turanlı, B., Karabulut, Ç., Yılmaz, Ü., Tokman, N. Akman, S., Tamerler C., Sarıkaya, M., Çakar  Z.P. 2006. Evolutionary engineering of cobalt-resistant yeast under pulse stress conditions, ESBES 6, 6th European Symposium on Biochemical Engineering Science, Bildiri özet kitabı, sayfa no: 194, 27-30 Ağustos 2006, Salzburg, Avusturya. 

·         Turanlı, B., Alkım, C., Tokman, N., Akman, S., Tamerler C., Sarıkaya, M., Çakar  Z.P. 2006. Evolutionary engineering of cobalt-resistant yeast under continuous stress conditions, ISEB ESEB JSEB 2006, International Conference on Environmental Biotechnology, 9-13 Temmuz 2006, Bildiri özet kitabı, sayfa no: 48, Leipzig, Almanya. 

·         Toktay, B., Şeker,U.Ö.Ş., Turanlı, B., Asımgil, H.,Keshavarz, T., Tamerler, C., Çakar, Z.P. 2005. Directed evolution of Ophiostoma piliferum for lipase production, 3rd International Conference on Analysis of  Microbial Cells at the Single Cell Level, Bildiri özet kitabı , sayfa 78, PIV.22, Semmering, Avusturya. 

·         Aloğlu, T., Tamerler, C., Sauer, U., Çakar, Z.P. 2005. Evolutionary engineering of osmotolerant Saccharomyces cerevisiae, 12th European Congress on Biotechnology, Kopenhag, Danimarka, J. Biotechnology, Vol. 118, Suppl. 1., S9.

·         Üçışık Akkaya, E., Öztürk, T., Ajredin, N., Çelikyılmaz, G., Yeşiladalı, S.K., Tamerler, C., Orhon, D., Çakar, Z.P. 2005.The effects of anaerobic-aerobic cycles on polyhydroxybutyrate storage mechanism of Paracoccus pantotrophus, a model organism of activated sludge systems, 10. European Ecological Congress, Bildiri özet kitabı, sayfa no: 509, Kuşadası, Türkiye.   

·         Şeker,U.Ö.Ş., Akçe, H., Tamerler, C., Sauer, U., Çakar, Z.P.  2004. High levels of trehalose in multiple-stress resistant Saccharomyces cerevisiae obtained by evolutionary engineering. PYFF 2 Meeting, Physiology of Yeasts and Filamentous Fungi, Bildiri özet kitabı, sayfa no: 111, 24-28 Mart 2004, Anglet, Fransa.

·         Şeker,U.Ö.Ş., Akçe, H., Tamerler, C., Sauer, U., Çakar, Z.P.  2003. Directed evolution of multiple-stress resistant Saccharomyces cerevisiae. 11^th European Congress on Biotechnology, Bildiri özet kitabı, sayfa no: 102, 24-29 Ağustos 2003, Basel, İsviçre.

·         Toktay, B., Şeker,U.Ö.Ş., Turanlı, B., Keshavarz, T., Tamerler, C., Çakar, Z.P. 2003. Improvement of lipase production in Ophiostoma piliferum via evolutionary engineering and media optimization .11^th European Congress on Biotechnology, Bildiri özet kitabı, sayfa no: 97, 24-29 Ağustos 2003, Basel, İsviçre.

·         Üçışık Akkaya, E., Akar, A., Yeşiladalı, S.K., Çelikyılmaz, G., Tamerler, C., Orhon, D., Çakar, Z.P. 2003. A physiological and morphological study on the growth and biochemical storage of activated sludge model organisms. 11^th European Congress on Biotechnology, Bildiri özet kitabı, sayfa no: 139, 24-29 Ağustos 2003, Basel, İsviçre.

·         Çelikyılmaz, G., Akar, A., Yeşiladalı, S.K., Üçışık Akkaya, E., Yazgan Karataş, A., Çakar, Z.P., Orhon, D.,  Tamerler, C. 2003 The effects of heavy metal stress on the metabolism of various activated sludge bacteria. 11^th European Congress on Biotechnology, Bildiri özet kitabı, sayfa no: 139, 24-29 Ağustos 2003, Basel, İsviçre.

·         Chatenay-Rivauday, C., Çakar, Z. P., Kuzmenko, E., Jenoe, P., Fiedler, K. M. 2000. A complex of actin, caveolin-1, and dynamin in caveolae. Mol. Biol. Cell 11: 2000 Supp. S. The American Society for Cell Biology  (ASCB), Fortieth Annual Meeting, San Francisco, ABD.

·         Çakar, Z. P., Sauer, U. 2000. Evolutionary Engineering of Multiple-Stress Resistant Saccharomyces cerevisiae. Biotechnology 2000, The World Congress on Biotechnology,  Berlin, Almanya.

·         Chatenay-Rivauday, C., Çakar, Z. P., Buehler, H., Kuzmenko, E., Hristoskova, S., Fiedler, K. 2000. Caveolae: a multiprotein complex? European Life Scientist Organisation (ELSO) 2000 Meeting, Cenevre, İsviçre.

·         Çakar, Z. P., Sauer, U., Fiaux, J., Szyperski, T., Wuethrich, K., Bailey, J. E. 1999. Intracellular carbon flux analysis and metabolic engineering of yeast: the perils of auxotrophic hosts. VAAM (Vereinigung fuer Allgemeine und Angewandte Mikrobiologie) Kongresi, Jahrestagung, Goettingen, Almanya.

E. Ulusal Kongrelerde Sunulan Posterler (Öz)

·         Üçışık Akkaya, E., Çelikyılmaz, G., Yesiladalı, S.K., Tamerler, C., Orhon, D., Çakar, Z.P 2005. Aktif çamur sistemlerinde yaygın olarak görülen Escherichia coli’nin Ardışık Kesikli Reaktörde Büyüme Fizyolojisi ve Depolama Özelliklerinin İncelenmesi, 14. Ulusal Biyoteknoloji Kongresi, Bildiri özet kitabı , sayfa 502, Eskişehir, Türkiye.

·         Çelikyılmaz, G., Yeşiladalı, S.K., Üçışık Akkaya, E., Akar, A., Yazgan Karataş, A., Ubay Çokgör, E., Çakar, Z.P., Orhon, D.,  Tamerler, C. 2004. Escherichia coli’nin respirometrik metabolizması üzerine ağır metal etkisi. V. Ulusal Ekoloji ve Çevre Kongresi, Bildiri özet kitabı, sayfa no: 159, 5-8 Ekim 2004, Bolu, Türkiye.

·         Turanlı, B., Toktay, B., Şeker, U.Ö.Ş., Tamerler, C., Çakar, Z.P. 2003. Endüstriyel mikroorganizmaların çeşitli stres faktörlerine dirençli hale getirilmesi .13. Biyoteknoloji Kongresi, Bildiri özet kitabı, sayfa no: 223, 25-29 Ağustos 2003, Çanakkale, Türkiye.